Kostnica, ktorá bola objavená vedľa baziliky sv. Mikuláša v roku 2008, je v súčasnosti uzavretá pre reštauračné práce. Obnova prebieha z dôvodu vyschýnania a následného drobenia sa muriva na pamiatke. Na renováciu muriva prispelo mesto Trnava sumou 15 tisíc eur a ďalších 10 tisíc eur sa podarilo získať z grantu. Kostnica sa pre verejnosť opäť otvorí koncom septembra, po dokončení reštaurátorských prác.