Komisie sú zriaďované v zmysle § 15 zákona 369/1990 Zb. o obecnom zriadení v znení neskorších predpisov mestským zastupiteľstvom ako stále alebo dočasné poradné, iniciatívne a kontrolné orgány. Sú zložené z poslancov mestského zastupiteľstva a ďalších osôb zvolených mestským zastupiteľstvom. Čo do počtu sú zriaďované diferencovane, v závislosti od počtu poslancov mestského zastupiteľstva a ďalších osôb. Vo volebnom období 2014 - 2018 sú ustanovené tieto stále komisie:
- Finančná komisia
- Komisia kultúry
- Komisia mládeže a športu
- Komisia sociálna a zdravotná
- Komisia bytová
- Komisia stavebná, územného plánovania a kultúrnych pamiatok
- Komisia školstva a vzdelávania
- Komisia životného prostredia a prírodných hodnôt
- Komisia dopravy a verejnoprospešných služieb
- Majetková komisia
- Komisia na udeľovanie ocenení mesta Trnavy
- Komisia na riešenie mandátov a sťažností
- Komisia na ochranu verejného záujmu pri výkone verejných funkcií
- Komisia pre riešenie problematiky neprispôsobivých občanov