Mesto Trnava je samostatným samosprávnym územným celkom a združuje občanov, ktorí majú na jeho území trvalý pobyt. Je právnickou osobou, ktorá v zmysle zákona 369/1990 Zb. o obecnom zriadení v znení neskorších predpisov uskutočňuje úkony súvisiace so správou mesta, jeho majetku a uskutočňuje záležitosti, ktoré ako jeho samosprávnu pôsobnosť upravuje osobitný zákon.

Samosprávu mesta vykonávajú obyvatelia mesta orgánmi mesta, hlasovaním obyvateľov mesta a verejným zhromaždením obyvateľov mesta.

Orgánmi mesta Trnava v zmysle citovaného zákona sú Mestské zastupiteľstvo mesta Trnava a primátor mesta.

Mestské zastupiteľstvo je zastupiteľský zbor mesta zložený z 31 poslancov zvolených v priamych voľbách obyvateľmi mesta. Orgánmi mestského zastupiteľstva sú Mestská rada mesta Trnavy a komisie mestského zastupiteľstva.

Mestské zastupiteľstvo zriadilo Mestskú políciu mesta Trnavy ako poriadkový orgán. Zastupiteľstsvo tiež volí a odvoláva hlavného kontrolóra. 

Primátor mesta je predstaviteľom mesta a jeho najvyšším výkonným orgánom. Funkcia primátora je verejnou funkciou. Funkčné obdobie primátora sa skončí zložením sľubu novozvoleného primátora.

Primátora zastupuje jeho zástupca v rozsahu určenom primátorom v písomnom poverení. Primátor ho poverí zastupovaním do 60 dní od zloženia sľubu primátora; ak tak neurobí, zástupcu primátora zvolí mestské zastupiteľstvo. Zástupcom primátora môže byť len poslanec mestského zastupiteľstva. Primátor môže poveriť zastupovaním dvoch zástupcov primátora, pričom určí ich poradie. 

Výkonným orgánom mestského zastupiteľstva a primátora je mestský úrad. Je zložený zo zamestnancov mesta a zabezpečuje organizačné a administratívne veci mestského zastupiteľstva, primátora, ako aj orgánov zriadených mestským zastupiteľstvom. Na čele mestského úradu stojí prednosta. 

Územie mesta Trnavy je členené na šesť mestských častí, v ktorých sú zriadené výbory. Členmi výborov sú všetci poslanci mestského zastupiteľstva zvolení v danej mestskej časti a obyvatelia príslušnej mestskej časti zvolení mestským zastupiteľstvom.

Zástupcovia mesta v štatutárnych a kontrolných orgánoch obchodných spoločností a iných právnických osôb založeným mestom

• Mestská televízia Trnava, s. r. o., Hlavná 1, Trnava
  Mgr. Ľubica Horváthová
  Ing. Richard Sládek
  Juraj Baďura, DiS
   
• TT-IT, s. r. o., Trhová 2, Trnava
  Ing. Vladimír Ekhardt
  Ing. Dušan Zaťko
  Mgr. Ivan Kopčík

• STEFE Trnava s. r. o., Františkánska 16, Trnava
  Mgr. Ondrej Štefánik
  Mgr. Stanislav Hric

• FCC Trnava, spol. s. r. o., Priemyselná 5, Trnava
  RNDr. Gabriela Cabanová
  Ing. Andrej Farkaš

• Trnavská vodárenská spoločnosť, a.s., Priemyselná 10, Piešťany
  Bc. Marcel Krajčo

• Trnava Tourism, Hlavná 5, Trnava
  Bc. Marcel Krajčo